La zona Amazónica está cubierta de flora y fauna y se subdivide en dos subregiones:

• La zona Subandina que se extiende en los flancos de la Cordillera Oriental de la Sierra. Para muchos geógrafos es una prolongación de la Cordillera Oriental. Aquí se localizan los ramales que se desprenden de la Cordillera Oriental; sobresale la Cordillera de Cutucú, con una altura de 2000 metros.

También se localizan la Cordillera de Napo Galeras, de Los Guacamayos, y entre las elevaciones están el Sumaco y el Reventador.

• La llanura amazónica ocupa casi la mitad de la región con una vegetación propia de flora tropical. Tiene altitudes menores a los 300 metros; los ríos son caudalosos y muchos sirven para la navegación y el comercio.

Debido a las dos subregiones climáticas que posee la Región Amazónica, la flora puede clasificarse en dos grupos:

Vegetación de la zona Subandina: Fréjol, garbanzo, arveja, naranjilla, tomate, café, plátano, entre otros.

Vegetación de la llanura amazónica: selvas vírgenes con árboles naturales como romerillo, laurel, guayacán, ceibo, café, tabaco, etc. También existe una variedad de especies de orquídeas, y muchas plantas con valor medicinal.

La fauna nos ofrece: mariposas, monos, loros, papagayos, delfines de río, caimanes, jaguares, puma, tigrillo, tapir o danta, puerco espín, tucán entre otros.